Al activar la opcion de Seo Direcciones amigables. o SEO URL, no te funciona correctamente.
Edita el archivo .htaccess
# SEO URL Settings
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)\?*$ index.php?_route_=$1 [L,QSA]
Si tu sitio esta dentro de un directorio --> solo agrega el directorio en esta parte -->
RewriteBase /<directorio>